É
inerentemente difícil desmontar num conceito tão abstracto como a mindfulness e encontrar mecanismos concretos que criam mudança na experiência humana. Por isso é tão importante ter em consideração a interseção com as neurociências para se poder observar evidências de mudanças no cérebro, que parecem ser o resultado da prática da meditação mindfulness.
Na explicação mais básica, o sofrimento e o stresse produzem um primitivo ajustamento de "luta ou fuga" no cérebro através da actividade do sistema nervoso simpático. A activação repetida pelo stresse, sofrimento e ansiedade tornam o cérebro e o sistema nervoso mais sensível e por sua vez mais reactivos a níveis menores de stresse. Isto pode eventualmente alterar os níveis de químicos no cérebro e a própria estrutura cerebral, o que pode tornar uma pessoa mais susceptível a sintomas de várias doenças mentais. Desta forma, o sofrimento tem causas claras no seu cérebro e corpo, então se mudar as causas, vai sofrer menos.A prática da meditação mindfulness activa o sistema nervoso parassimpático, o qual é responsável por manter o equilíbrio interno do corpo e 'aclama' o sistema nervoso simpático e tem efeitos de longo alcance sobre a estrutura do cérebro, áreas de activação e bioquímica, que por sua vez beneficia todo o corpo e a vida emocional. Um exemplo disto é evidenciado através de investigação onde se avalia as ondas cerebrais de experientes praticantes tibetanos e que mostram que essas pessoas têm a rara capacidade de produzir ondas cerebrais gama poderosas e unificadas, apoiando a premissa de que meditação produz, efeitos fisiológicos concretos sobre o nosso cérebro.
